Новости

Новый и усовершенствованный метод анализа одноклеточной экспрессии генов.

Новый и усовершенствованный метод анализа одноклеточной экспрессии генов.
Ученые из института исследования рака в Людвиге и Каролинского института разработали усовершенствованный метод анализа генов, выраженных в рамках одной клетки. Они говорят, что их выводы ( «Smart- seq2 для чувствительного полнометражныго транскриптома профилирования в одиночных клетках»), опубликованные на этой неделе в «Nature Methods», будут актуальны для всех отраслей, от фундаментальных исследований до будущей диагностики рака.
«Мы ввели Smart- seq2 с улучшенной обратной транскрипцией, шаблоном коммутации и предварительного усиления, чтобы повысить как урожайность так и длину библиотек ДНК , полученных от отдельных клеток», - пишут исследователи в статье.
По словам Ричарда Сандберга, старшего автора исследования, есть клетки в опухоли и в здоровых тканях, которые не присутствуют в достаточном количестве, чтобы обеспечить анализ, который бы использовал что-то, кроме одноклеточных методов.
" Этот метод позволяет выявить редкие и важные субпопуляции клеток во всех видах тканей. Мы также можем использовать его, чтобы поддевать друг от друга, более строго, чем когда-либо раньше, как способность уникальных наборов генов трансформировать клетки от одного состояния к другому, как, скажем, эмбрион развивается в организме, или опухоль становится метастической," - сказал он.
Традиционные подходы, которые зависят от коллективного анализа выражения генов в миллионах клеток сразу, как правило нацелены на то,чтобы скрыть биологически значимые различия в генах, выраженных в специализированных клеток в определенных видах ткани. Одноклеточные анализ выражения генов преодолевает это ограничение . Ведущий метод для такого анализа ( Smart- SEQ ) был разработан в 2012 году совместно с лабораторией доктора Сандберга .
Для разработки новой техники , названной «Smart- seq2» , команда доктора Сандберга провела более 450 экспериментов , чтобы улучшить их первоначальный метод. Новая процедура последовательно захватывает в три четвертиа больше молекул РНК , которые часто выливаются в более 2000 генов в клетке, чем это позволяют нынешние методы, как объясняет д-р Сандберг . Это, по его словам , позволит исследователям проводить более детальный анализ того, как тонкие различия между одиночными нуклеотидными полиморфизами у разных людей способствуют различиям в биологии и болезнях.
«Новый метод , вероятно, будет представлять большую ценность для исследований рака», - продолжил он. Диагностика редких субпопуляций клеток в опухолях и понимание их роли в выживании и прогрессировании рака может обеспечить бесценную информацию для развития диагностики и таргетной терапии.
Недавно опубликованное исследование описывает, например , как определенные субпопуляции клеток меланомы могут быть переданы во в лекарственно-чувствительное состояние, а затем разрушены химиотерапией. Больше таких стратегий может быть разработано, так как исследователи лучше справляются с клеточными видами, обитающими в различных типах опухолей, и с образцами выражения генов, которые определяют их .

ВКонтакт Facebook Google Plus Одноклассники Twitter Яндекс Livejournal Liveinternet Mail.Ru